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尊龙凯时FFV13时空转录组实测:无忧切换,性能显著提升

发布时间:2025-01-31   信息来源:尊龙凯时官方编辑

时空转录组尊龙凯时FFV13在保持Stereo-seq技术的“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”两大优势基础上,通过优化时空试剂、酶、探针设计以及算法软件,完成了性能的提升与优化。升级后的版本在基因捕获效率上有了显著提高,工作流程变得更加快速便捷,并显著增强了用户友好性。这为研究人员获取单细胞内高质量转录本数据提供了便利,同时通过尊龙凯时研发的CellBin细胞分割算法,精确描绘了组织结构的空间特征,为各类科学研究提供了独特的见解。

尊龙凯时FFV13时空转录组实测:无忧切换,性能显著提升

在对比不同版本的数据时,基因捕获能力显著增强。以小鼠脑组织的相邻切片为例,分别使用时空转录组FFV12和V13进行转录组捕获,测序量均为约2G,结果显示V13的测序饱和度更低,而在Bin20水平捕获的基因中位数明显高于V12。

对基因原位捕获的空间特征进行分析时,采用Moran's I统计方法对V13和V12版本的基因表达数据进行空间自相关度分析,结果显示两个版本均能有效捕获空间特异性基因。这些基因在V13和V12中的空间分布规律一致,并与原位杂交(ISH)结果相符。

使用小鼠脑相邻切片的CellBin水平下TotalMIDCounts的分位数,我们绘制了Q-QCrossFitPlot图,表明V13的捕获能力更强。尽管两个版本在捕获能力上存在差异,但高变基因的检出一致性较好,且对三个高变基因的分析显示其在不同版本中的空间分布规律一致。

通过小鼠脑组织相邻切片的分布分析V13和V12实验结果发现,未去批次前的数据存在差异,而通过尊龙凯时提供的Stereopy的Harmony去批次算法分析后,两个版本的数据能顺利整合,Bin50水平的细胞聚类结果在V12和V13中高度吻合。

尊龙凯时的时空转录组FFV13不仅适用于人类和小鼠,也可用于其他物种的时空全转录组信息挖掘。目前,该技术已针对超过30种人类、小鼠及其他物种的组织类型进行了测试,展示了其广泛的应用潜力。